近几年来，旬阳县加大“两新”组织党建管理运行体制的创新力度，找准党建工作与“两新”组织发展的有机结合点，促进了“两新”组织的新发展，得到了其业主和党员的欢迎和肯定。
    创新领导管理运行体制。一是创新管理模式。针对全县“两新”组织分布广和规模不等等情况，该县建立了条块结合、优势互补的组织管理构架。2008年该县率先在全市成立了“两新”组织党工委，作为县委的派出机构统一领导全县“两新”组织党建工作，代县委对各镇、各部门及行业党委中的“两新”组织党建工作行使业务指导和目标责任考核管理职能，对未成立党委的部门、行业系统所涉及的“两新”组织党组织，由其直接管理。今年，该县在生态工业园区成立了党委，负责对区域内的“两新”组织的管理。二是创新运行机制，形成多种形式的“两新”组织党建工作者队伍。建立了抓总协调党建工作者队伍——“两新”组织党建工作领导小组，负责全县“两新”组织党建工作的领导、协调工作，协调解决工作中出现的矛盾与问题；配强了党组织书记队伍。采取“兼、选、派”等多种形式配齐配强党组织负责人；选派了党建工作指导员队伍。县委从机关单位选派61名退二线和在任科级干部和61名党员干部分别担任61个“两新”组织党建指导员和联络员，协调指导“两新”组织党建工作。
    创新党组织设置体制。一是进一步明确党组织关系。今年该县在调研摸底的基础上，专门发文对全县的“两新”组织党组织关系进一步进行了明确。“两新”组织党组织关系主要以各镇党委属地管理、县生态工业园区党委区域管理和县直部门党委行业管理为主，对未成立党委的部门、行业系统所涉及的“两新”组织党组织，由县“两新”组织党工委直接管理。过去是国有、集体企业改制为非公有制企业的，党组织关系继续由原党委管理；对县生态工业园区所管辖区域内的“两新”组织党组织，由县生态工业园区党委管理；对组织关系和活动以镇为主的，由镇党委管理；对业务性强、行业特点明显的“两新”组织党组织，由县直各部门行业党委管理。二是创新党组织设置形式。针对“两新”组织党员的特点，该县探索实行了单独建、联合建、依托建、属地建的四种党组织组建模式。凡有3名以上党员、具备条件的“两新”组织都单独建立党组织；在党员不足3名或虽有3名以上党员、暂不具备单独建立党组织条件的“两新”组织中，先行建立党小组，或按照行业相近或地域相邻的原则建立联合党支部；对于人数少、规模小的小微企业以及个体工商户中的党员，依托市场、工商联、工商系统、个体私营经济协会等党组织，把相对分散的党员集中起来管理；在“两新”组织比较集中、数量较多的镇、社区、开发区和产业园区，按照属地管理的原则，建立专门管理“两新”组织党员的党组织。
    创新“两新”组织党建长效机制。一是该县先后制定了《关于进一步加强“两新”组织党建工作的意见》、《关于进一步明确县“两新”组织党工委职责及“两新”组织党组织管理隶属关系的通知》、《关于加强流动党员管理的意见》等10多个文件，从党组织的地位职责、党组织的组建、隶属关系，发展党员和党员教育管理，党务工作力量配备等方面，提出了规范化的制度要求。二是建立联席会议制度。组织部、统战部、经贸局等13个单位为成员，每半年召开一次会议，进行一次督查，协调解决“两新”组织党建工作中的实际问题。三是健全县级领导党建联系点制度。坚持了县级党员领导干部挂联“两新”组织党建联系点制度，经常深入联系点调查研究，指导工作，对全县“两新”组织党建起到示范带头作用。